真核转录组的高度复杂性和多样性对特定转录本的有效检测提出了重大挑战。传统的靶向 RNA 测序方法通常需要耗费大量人力的预测序富集步骤，这可能会影响全面的转录组分析并限制其更广泛的应用。
近日，中国科学院动物研究所赵方清研究员团队开发出一种新型的靶向RNA测序方法——可编程全长异构体转录组测序(PROFIT-seq)，该策略能够有效捕获广泛的转录组样本，在有效富集目标转录本的同时，保持对整个转录组的无偏定量。
这项研究的题目是“使用PROFIT-seq进行实时可编程转录组测序”，发表在《自然细胞生物学》杂志上。
PROFIT-seq 引入了一种可编程转录组测序策略，该策略利用了 AI 驱动的自适应测序算法。与依赖复杂实验富集的传统方法不同，PROFIT-seq 只需要目标的序列信息，从而实现对不同转录本类型的实时、灵活和可编程富集。
它还采用滚环扩增技术来生成全长 cDNA 读通产物，从而有助于纠正纳米孔测序错误，从而产生高保真度的一致转录序列。
此外，PROFIT-seq 采用组合逆转录捕获多聚腺苷酸化、非多聚腺苷酸化和环状 RNA。它还集成了基于 EM 的模型，使用完全测序的靶标和部分拒绝的序列实现无偏转录组定量，从而高效准确地对任何靶标转录本进行单分子表征。
研究团队进一步证明了PROFIT-seq在多种场景下的适用性，在临床样本中，PROFIT-seq通过实时富集痰液样本中的肺炎相关病原体，显著提高了目标病原体转录本的检测通量，减少了识别关键病原体突变所需的时间。
此外，PROFIT-seq 能够同时检测结直肠癌相关微生物群和宿主免疫组库序列，揭示结直肠息肉恶性转化过程中宿主免疫系统和肠道微生物群之间复杂的相互作用。
总体而言，PROFIT-seq 提供了一种强大的工具，可对目标转录本进行准确、高效的测序，同时保留总转录组定量，在临床诊断和有对性的转录本富集场景中具有广泛的潜力。